※コメント頂きましたとおり、セカンドモニタなどに表示されている状態で、隠れているパターンが一番多いようですので、まずはこちらをご確認ください。

それでも、表示できない場合は以下をご参照ください。

先日、AutoCADLT2006で画層プロパティ管理が表示されないという症状について質問させていただきましたが、
http://const.livedoor.biz/archives/51064554.htm
Adec'Kさんからコメントで解決策情報を教えていただきました。

「AutoCADのユーザーが、自分自身でCADをカスタマイズするためのページ」である「mura's home」に同じような質問があり、その解決方法も色々と掲載されていました。
http://www.mura.sh/

解決策
別のユーザーを作成し、そちらでAutoCADを起動する。

これ以外にも様々な方法を試みましたが、本質的な解決には至りませんでした。
(レジストリも全て削除を行ったりしたのですが)
この他の解決策をご存じの方がいらっしゃいましたら、コメントをお願いいたします。

解決しなかった実施対応策(場合によっては下記によって解決することもあります)
1.サービスパックの適用
Autodeskサイトにサービスパックが掲載されているので、最新版を保つためにも適用をオススメします。
http://www.autodesk.co.jp/download
上記サイトより、「AutoCAD LT 2006 ServicePack 1」
2.アンインストール後のクリーンアップ
再インストールする方法ですが、ただ再インストールするだけでは、今までの設定ファイルが一部残ってしまいます。そこで、オートデスク社からダウンロードできるクリーンアップツールをオススメします。
http://www.autodesk.co.jp/download
上記サイトの「ツール」に各ソフトの「Cleanup Tool」が公開されています。
3.フォルダを変更して再インストール
再インストール時、カスタム設定にて、インストール場所を変更
例「AutoCAD LT 2006」→「AutoCAD LT」など
4.該当するレジストリの全削除(自己責任でお願いします)