先日、「BunBackup」というソフトでバックアップ(ミラーリング)を行ったら、バックアップを保存したハードディスクのほかのデータが消えてしまったと問い合わせがありました。

BunBackup
http://www.vector.co.jp/magazine/softnews/030924/n0309243.html
フォルダミラーリングツール(Logitec)
http://const.livedoor.biz/archives/50456751.html

よく話を聞いてみると、下記の通りでした。
ミラーリング
青:バックアップ元 、 赤:バックアップ保存先

元々データが入っていたハードディスクのルートディレクトリ(最上層のフォルダ)をミラーリング先に設定したことが原因でした。
ミラーリング設定ですと、指定したフォルダ(ディレクトリ)以下を鏡のように同じにします。今回の場合、D\作業所データ¥内とE:\内をソフトが同じ内容にしてしまったため、今までの作業所のデータが削除されてしまいました。

こうなってしまったら、復元ソフトとで消えてしまったファイルをなるべく多く救い出すしか方法がありませんので、バックアップ設定やミラーリング設定時には、フォルダ指定を良く確認してから行ってください。