土木工事書類作成マニュアルが土木現場において非常に参考になります。
(特に施工体制台帳の書き方については良く理解できます)

特徴として下記のことが記載されています(まえがきより)。
・契約図書上必要のない書類は作成しないことを明記
・発注者、請負者のどちらが作成すべき書類かを明記
・工事書類の作成様式を掲載
・施工体制台帳の作成に当たっての留意事項を明記
・工事検査時に確認する資料を明記


必要書類の一覧表が明確になっているほか、下記の項目について詳しく書かれています。
・施工計画書の書き方
・施工体制台帳、体系図の書き方
・各種様式と説明
・確認・立会願いの必要な項目
・安全管理、新事故報告書入力システム(SAS)、事故概要説明図面の書き方など
・品質管理、出来形管理の必要性や書き方
・検査書類の作成方法
各項目について、書類提出(写真の撮影も含めて)の必要性が書かれているので、参考(根拠付け)になります。

国土交通省 関東地方整備局 技術情報
http://www.ktr.mlit.go.jp/gijyutu/gijyutu00000037.html

土木工事書類作成マニュアル(H21.03.26)-PDF
http://www.ktr.mlit.go.jp/ktr_content/content/000007284.pdf

各事務所で独自の様式が引き継がれている場合もありますので、確認は必要ですが、いずれ統一されることでしょう。

最後の添付資料の中には以下のことが書かれています。
・検査時に必要な書類
・施工体制台帳の書き方
・建設業の許可について
・監督員とは・専門技術者とは
・統括安全衛生責任者とは
・元方安全衛生管理者とは
・安全衛生責任者とは
・安全衛生推進者とは
・雇用管理責任者とは
・施工体制台帳、施工体系図に関するQ&A

様式説明
工事打合せ簿等の電子メール実施要領もこちらに記載があります。