2012年10月25日に以下の記事を書きましたが、その記事のコメントで、「雇用保険欄にはなぜ労働保険番号を書くのでしょうか」と質問を頂いておりました。
雇用保険欄には←国交省様式(全建様式にも記載があります)

社会保険未加入対策で、施工体制台帳や再下の様式が変わります(H24年11月より)
http://const.livedoor.biz/archives/52079083.html

これがなかなか難しい質問で、明確な回答が見つからない状態なのですが、以下の様な「気」がしてきました。

まず、雇用保険欄に記載する番号は、
会社:労働保険番号(施工体制台帳)
個人:雇用被保険者証の番号の下4桁(作業員名簿)
と指導されています。

もちろん、会社にも雇用保険番号として、雇用保険の「適用事業所番号」があります。これは、労働保険番号とやや似ている番号ですが、以下の奈良県の資料のとおり、二元適用事業を示す所掌番号「3」が3桁目に挿入されます(枝番は異なりますが)。
労働保険番号

施工体制台帳への健康保険・厚生年金保険・雇用保険の事業所整理記号等の転記方法
http://const.livedoor.biz/archives/52140973.html

と言うことで、二元適用事業である証を確認するために、労働保険番号を記載させているのではないかという「気」がしてきました(ここまで奥深く考えられているのか不明ですが)。
ちなみに、二元適用事業とは、労災保険と雇用保険の申告・納付等をそれぞれ別個に行う事業を言い、一般に農林漁業や建設業等がこれにあたります。
厚労省参考ページ
http://www2.mhlw.go.jp/topics/seido/daijin/hoken/980916_2.htm

ただし、「気」がしただけですので、皆さまからの正確な情報をお待ちしております。
※下請のみを行う場合は二元適用事業とならないため、「3」以外でも良いとのコメントを頂いております。なぜ奈良県が上記のような「3」を確認するような資料を公開しているのか?、まだ考えていきたいと思います。