先日、葛西臨海公園駅と新木場駅の間にある荒川の陸橋部で、線路部から火災が起き、夕方前から終日京葉線が運転見合わせに。
京葉線は、臨海部の高架橋のため、強風時にはたびたび運休になることも。
ディズニーリゾートには平均8万人以上訪れ、京葉線が止まると、電車の最寄りは約4キロ先の浦安駅かバス路線のみとなってしまい、帰宅困難者で大変な状況になります。
(2017年度3010万人/365日=約8.3万人http://www.olc.co.jp/ja/tdr/guest.html)
そこで、他路線の乗り入れについて、私見だらけに勝手に考えてみました。

近くを走る路線は、東京メトロ東西線と同有楽町線です。有楽町線は、新木場駅を終着駅とし、その先はカーブを経て大規模な車庫(新木場車両基地)となっています。
普通に考えれば、この有楽町線を延伸させる方が可能性高いと思われます。

そして、高架橋かトンネルか?
高架橋となると荒川と旧江戸川の比較的大きな川を2本渡る必要があり、さらにJR、国道、首都高の脇に橋をつくる必要があります。そして、京葉線と同じように風の影響を受ける懸念も。
そこで、リスクを考えれば、トンネルがよいと考えるでしょう。
新木場車両基地であれば、ある程度の敷地が得られるため、立坑をつくって、シールドの発進基地に。
線形は、新木場駅の高さの関係から、京葉線沿いですと荒川までに十分な深さを得られないため、一度南の車両基地へ向かって、カーブで葛西臨海公園の下を通る形でしょうか?
また、有楽町線の舞浜駅をどこにつくるかですが、舞浜駅北口には、まだ敷地が残っています(ただし再開発の話題が出ているので、早めの調整が必要かと)。新設地下鉄舞浜駅西側に到達立坑をつくり、シールドマシンの幅を広げて、駅部もシールドで構築することも可能ですが、工事敷地を確保できるなら、駅舎は開削のほうが同時進行できるため早いでしょう。
勝手に想像するに、こんなイメージに(舞浜駅手前は高架橋が多いため、どこで横断するかは詳細検討が必要ですが)
新木場車両基地舞浜駅間ルート(勝手に)

どうでしょうか?
2020年にはディズニーシーの大規模な拡幅も完成するため、今よりも入園者数は増えることでしょう。過去にもディズニー側が負担して首都高舞浜ランプ新設等しているため、ディズニー側も何か考えていると思われますが。