表紙が1ページ目、目次が2ページ目、で3ページ目から本文が開始されるときに、
表紙と目次にはページ番号を振らずに、3ページ目の本文を1ページとしてページ番号を振る方法が下記のMicrosoftのサイトに掲載されています。

[WD2003]様々なページ番号の設定方法
http://support.microsoft.com/?scid=kb;ja;413802&spid=2530&sid=95

ちょっとわかりづらいですが、要点は2つ。
・セクションを分けること
・[ヘッダーとフッター] ツールバーの [前と同じヘッダー/フッター] をオフ

Page設定