以前、Suicaで大阪の地下鉄に乗ろうとして、閉められた思い出がありますが、全国に広がっているICカード乗車券には相互利用できる交通機関と利用できない交通機関があります。

これを一目で理解することができる、「ICカード乗車券の共通化・相互利用の状況」を説明する図が国土交通白書にありました。
ICカード状況図

国土交通白書H20年度版
http://www.mlit.go.jp/hakusyo/mlit/h20/hakusho/h21/pdfindex.html